Powszechną praktyką urzędów skarbowych weryfikujących zasadność zwrotu VAT w toku czynności sprawdzających jest przeprowadzanie tzw. "kontroli krzyżowych". Z uwagi na fakt, że kontrole takie trwają zazwyczaj o wiele dłużej niż wynosi termin przewidziany dla zwrotu VAT, organy podatkowe wydają postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT z uwagi na prowadzoną weryfikację rozliczeń w toku kontroli krzyżowej. Jednakże, zgodnie z orzecznictwem sądów administracyjnych, takie działanie organów podatkowych jest bezprawne, a postanowienie przedłużające termin zwrotu VAT na tej podstawie nie wywołuje skutków prawnych.
Zgodnie z art. 272 Ordynacji podatkowej celem czynności sprawdzających jest:
1) sprawdzenie terminowości
- a) składania deklaracji,
- b) wpłacania zadeklarowanych podatków, w tym również pobieranych przez płatników oraz inkasentów;
2) stwierdzenie formalnej poprawności dokumentów wymienionych w pkt 1;
3) ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami.
Uwzględniając charakter czynności sprawdzających określony w art. 272 Ordynacji podatkowej w doktrynie przyjmuje się, że zmierzają one przede wszystkim do zbadania i ustalenia poprawności formalnej dokumentów, stanowiąc tym samym wstępną kontrolę podatkową o charakterze formalnym.
W orzecznictwie sądowym podkreśla się, że czynności sprawdzające to wstępna faza kontroli podatkowej, o charakterze najmniej sformalizowanym. Pozwalają one organowi zorientować się, czy nie zachodzą przesłanki do wszczęcia kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego. Czynności sprawdzające zgodnie z przepisem art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej mają na celu m.in. ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 18 września 2012 r., sygn. akt I FSK 1768/11; dostępne CBOSA). Podejmowanie tych czynności nie oznacza, że prowadzone jest już postępowanie dowodowe.
Mając z kolei na uwadze wszystkie przepisy Działu V Ordynacji podatkowej, można stwierdzić, że czynności dokonywane w ramach czynności sprawdzających określone w art. 274 § 2, art. 275 § 1, 2 i 3 oraz art. 276 § 1, 2 i 5 wykraczają poza zakres formalnej kontroli. W tych jednak wypadkach ustawodawca wyraźnie wskazał zakres czynności, które organ może przeprowadzić w ramach czynności sprawdzających. W zakresie tym nie mieszczą się czynności związane z tzw. kontrolą krzyżową. Wynika to nie tylko z zakresu dopuszczalnych czynności, o których mowa we wskazanych wyżej przepisach, ale także z art. 274c § 1 Ordynacji podatkowej. Stosownie do treści tego przepisu organ podatkowy w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową może zażądać od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów, w zakresie objętym kontrolą u podatnika w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Z czynności tych sporządza się protokół. Ustawodawca dopuścił więc możliwość zażądania od kontrahentów podatnika przedstawienia dokumentów, w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT w związku z prowadzonym u podatnika postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową. Kontrola tzw. "krzyżowa" dopuszczalna jest w ramach prowadzonego wobec podatnika postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, ale nie poza nimi. Nie ma więc podstaw prawnych, w ramach czynności sprawdzających określonych w dziale V Ordynacji podatkowej, bez wszczęcia postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, żądania od kontrahentów podatnika dokumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Prowadzenie postępowania dowodowego w tym zakresie jest bowiem niedopuszczalne.
Jeśli zatem organ podatkowy dokonuje weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT w toku czynności sprawdzających, tj. przed wszczęciem kontroli podatkowej, to może wykorzystywać tylko instrumenty prawne, jakie przysługują mu w tym trybie. Bez wątpienia do takich instrumentów można zaliczyć, np. badanie deklaracji podatkowych, ale już nie podejmowanie czynności sprawdzających u kontrahentów podatnika. Tzw. kontrola krzyżowa nie mieści się bowiem w kompetencjach procesowych organu podatkowego, który działa poza postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową. Wynika to już z samej tylko literalnej treści art. 274c § 1 Ordynacji podatkowej, gdzie mowa jest o tym, że organ podatkowy, w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową może żądać od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów, w zakresie objętym kontrolą u podatnika, w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Stanowisko to znajduje również potwierdzenie w orzecznictwie sądowym, np. w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 28 października 2013 r., sygn. akt I SAB/Wr 7/13, wyroku NSA z dnia 17 marca 2015 r. sygn. akt I FSK 83/14, gdzie podkreśla się, że zakres zasadności zwrotu podatku od towarów i usług w trybie czynności sprawdzających ograniczony jest jedynie do weryfikacji rozliczenia podatnika, a nie jego kontrahentów.
Oczywiście dopuszczalne jest w ramach czynności sprawdzających zwrócenie się przez organ podatkowy do organów podatkowych właściwych dla kontrahentów o udzielenie informacji, które są w posiadaniu tych organów (np. dotyczących statusu podatnika, czy innych informacji wynikających z deklaracji czy ewidencji będących w posiadaniu tych organów). Nie jest już jednak dopuszczalne wystąpienie o przeprowadzenie czynności z udziałem kontrahentów i z udostępnieniem przez kontrahentów ich dokumentacji.
Powyższe uwagi prowadzą do wniosku, że orzekając w sprawie o przedłużeniu terminu do zwrotu podatku, organ podatkowy może zwrot VAT-u uzależnić od dodatkowej procedury weryfikacji podatnika, ale powołując się na konieczność przeprowadzenia takiej weryfikacji winien mieć jednocześnie na uwadze to, jakie przysługują mu w tym zakresie kompetencje procesowe, biorąc pod uwagę fazę postępowania, w jakim orzeka.
Tym samym, nierzadko występujące w praktyce jest podejmowanie przez organ podatkowy w toku czynności sprawdzających czynności niedopuszczalnych w tej procedurze, polegających w istocie na prowadzeniu postępowania dowodowego, które nie może wywoływać żadnych skutków prawnych. Dokonanie takich czynności nie może w związku z tym również stanowić skutecznej podstawy przedłużenia terminu do zwrotu podatku VAT, a co za tym idzie postanowienia takie podlegają uchyleniu, co z kolei prowadzi zwykle do szybszego zwrotu podatku VAT z uwagi na bezpowrotne wyekspirowanie terminu przewidzianego dla dokonania jego zwrotu. Takie rozumowanie znajduje potwierdzenie w orzecznictwie sądów administracyjnych, np. w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 20 maja 2015r., sygn. akt I SA/Wr 238/15.